Немного пообщался с сотрудниками Microsoft...
Решил выложить исправление 2го бага:
Вместо строки
X++:
if (abs(inventTrans.financialOpenQty() > abs(qtyRemain)))
Должно быть
X++:
if (abs(inventTrans.financialOpenQty()) > abs(qtyRemain)) /// by AMV 25.01.2007 BUG497_AMV_InventMarking - mistake in standard Axapta
Дело в месте одной из круглых скобок.