[AndyD]

isInBatch() в пакетном режиме должен возвращать true. По крайней мере в тройке.

Смотрите, есть ли модификации в методе runJob() класса BatchRun

            runBaseBatch.parmInBatch(true); // <-- это установка признака запуска в пакетном режиме
            runbaseBatch.setCreatedByUserId(batch.createdBy);
            runBaseBatch.run();

PS. Только устанавливается этот признак перед вызовом run() класса