Спасибо.
После ручного исправления кода системных классов и глобальной компиляции удалось всё-таки заставить 4-ку синхронизироваться и создать проект обновления.
Вот только мне не совсем понятно, если изменения у меня только в usr слое, почему 4-ка одинаково ругалась как на usr-слое, так и на cus-слое?