Проблему решили
Оказалось, что был создан отчет, где в 2х полях для ввода значения так и осталась строка "Введите значение". Пользователи забывали выбрать параметр и нажимали "Сгенерировать отчет". В результате чего sql сервер загружался примерно на 50% где-то минут на 40-50. И если с объектами, которые не относились к этому отчету еще можно было работать, то при работе с объектами, относительно которых генерировался отчет, работать становилось невозможно, т.к. при попытке что-либо сохранить была ошибка доступа к базе по таймауту.
Всем спасибо
P.S. теперь надо придумать, как не давать запускать такие отчеты на исполнение, пока не будут установлены корректные значения полей
(хотя теперь вообще думаю отобрать права на создание отчетов)