[sukhanchik]

единственная напрашивающаяся мысль в том - что был сделан в АОТ Primary Index, но в БД он не создался (например из-за дубликатов в данных). Но при этом до этого в АОТ был другой Primary Index, с которого сняли сию почетную обязанность одновременно с назначением другого индекса Primary.
Т.о. в АОТ изменения произошли, а в БД - нет. Это необязательно должно было произойти вследствие модификаций. Достаточно апгрейда слоя.

Если очистить проблемную таблицу от данных - думаю - что все станет на свои места.
Ну либо очистить от тех дубликатов, из-за которых не накладывается новый уникальный индекс