По моему не такому уж скромному
мнению, никаких негативных последствий от модификации не случится. Если ваших методологов не смущает что часть себестоимости номенклатуры будет жить на одной аналитике, а другая часть - на другой - то все в порядке.
С точки зрения целостности данных в системе, никаких проблем я не вижу.
Кстати, я когда-то делал подобную доработку для переоценки проводок. Вроде никто потом на проблемы не жаловался.