Системных объектов не подлежащих кастомизации с каждой новой версией все меньше. В текущей версии подобным изъяном обладает небольшое количество объектов. В основном это некие узкие "атомарные" объекты вроде территории, продукта для возможной сделки, или шаблона контракта.
Действительно поведение системы можно нарушить изменив значения ключей в таблице Entity, но важно понимать, что это не поддерживаемое решение и делать подобное стоит только в случае крайней на то необходимости. Добавление атрибута к территории вряд ли как-то скажется на работоспособности системы сейчас, но может выйти боком при установке пакетов обновлений и почти наверняка помешает переходу на версию 5.0. В ней заявлено "расширенное управление территориями", так что могут быть проблемы если вы расширите этот объект сейчас.
