k@seta, все это обсуждали не раз.
Лучше, хуже.... Все зависит от поставленных задач, кол-ва пользователей, бюджета проекта.
Обычно ставят связку 1С:Бухгалтерия <- Dynamics AX, Dynamics NAV, SAP. Про интеграцию mazzy уже писал, есть, реально рабочий функционал.
Очень приблизительно (не кидайте камни

) по стоимости на 300 рабочих мест (как раз для Вашего предприятия на 1000 человек, больше не потребуется):
1. SAP R/3 - 1.500.000 евро лицензии, 2.500.000 евро внедрение = 4.000.000 евро
2. SAP Business One - 400.000 евро лицензии, 1.000.000 внедрение = 1.400.000 евро
3. Dynamics NAV - 300.000 евро лицензии, 1.000.000 внедрение = 1.300.000 евро
4. Dynamics AX - 600.000 евро лицензии, 1.000.000 внедрение = 1.600.000 евро
5. 1С УПП 8 - 60.000 евро лицензии, от 1.500.000 евро внедрение = 1.560.000 евро
По функциональности, тоже очень приблизительно,
1. SAP R/3
2. Dynamics AX
3. SAP BO = Dynamics NAV
4. 1C УПП 8
И на SAP и Dynamics полно внедренцев, в любой город приедут за такие деньги - только свистни
Если не хотите нанимать консалтинговые компании, можно привлечь фрилансеров (будет на 30% дешевле) на постоянку.
Обучать своих специалистов для внедрения не советую - долго по времени и нет 100% гарантии ожидаемого результата. Для дальнейшей поддержки - наоборот советую обучать своих.
P.S. Если хотите поэкспериментировать с другими системами силами своих сотрудников (денег мало, сроки не критичны и пр.), с февраля ERP Босс:Компания стала бесплатной (
http://www.rp-server.com/solutions/boss_com.php ), перешли на новый движок.
Что за зверь - не знаю, на выходных поставлю себе, посмотрю. Если все так, как пишут, то система должна быть очень шустрой.