В Вашей постановке задачи, на мой взгляд, для элиминации внутрихолдинговой прибыли и остатков достаточно описанных модификаций.
Единственное, отклонения считать нужно не по заказам/закупкам, а по накладным (заказы и закупки вполне могут удаляться).
Нужно не забыть, что в складских журналах типа проводка корсчет указывается вручную, а не берется из настроек разноски, поэтому нужно думать, как для разницы между трансфертной и реальной себестоимостью учитывать этот факт.
Так же, следует внимательно отнестись к "поднятию" себестоимости на уровень готового изделия из комплектующих (в производственных заказах, в складских журналах спецификаций), ну и перекидок в журналах переноса, заказах на перемещение.
У нас ситуация была посложнее - требовалось не только в финансовой отчетности знать себестоимость, очищенную от внутрихолдинговой прибыли, но и в оперативных отчетах это так же требовалось. Поэтому модификаций сделано гораздо больше (когда поняли, что переходить с DAX4 на DAX2009 не будем, а для DAX2012, скорее всего, потребуется перевнедрение, то решили не стесняться и делать то, что требуется):
- добавили новые поля в InventTrans, InventSum, InventTransPosting;
- сделали разноску на забалансовые счета сразу в момент операций (включая разноску внутрихолдинговых накладных);
- модифицировали операции коррекции себестоимости проводок и остатков;
- модифицировали закрытие склада;
- ну и по мелочам еще немного (в частности, ввели возможность в журналах Проводка указывать коррсчет для отклонений или использовать соответствие между основными счетами и счетами коррекций).
Вроде бы все вспомнил.