Разноску запасов настроили (Управление запасами \ Настройка \ Разноска \ Разноска)?
Там на форме на вкладке Запасы необходимо сделать настройки для Расхода, Прихода, Внутрихолдинговые расчеты с клиентами, Внутрихолдинговые расчеты с поставщиками.
P.S.
вот тут об одном приколе на эту тему писал...