X++:
// Пример для CRM2011
var lookupValue = lookupAttrib.getValue();
if (lookupValue != null && lookupValue.length > 0) {
// здесь первый элемент массива - это и есть выбранное в Lookup-поле значение, у которого есть три атрибута: id, name и type (либо entityType), которые характеризуют выбранный объект
var lookupValueId = lookupValue[0].id;
// далее: нужно получить атрибут в который нужно присвоить значение и собственно присвоить (пример для текстового атрибута)
var assignAttrib = Xrm.Page.getAttribute('E');
// если атрибут в форме только для чтения - перед присвоением установим submit mode
assignAttrib.setSubmitMode('always');
assignAttrib.setValue(fieldValue);
}