Я бы смотрел в сторону решения по номенклатуре идеологически:
номенклатура общая, но настраивается для конкретных компаний которые ее юзают и тп
Т.е. за SaveDataPercompany = No в части таблиц
Чуток индуса (может понятнее будет моя корявая мысль)
https://dynamicsaxgyan.wordpress.com...amics-ax-2012/