У нас такое переодически возникало.
Боролись так (всё через SQL):
Грохали схему и логин пользователя во всех базах.
Грохали логин
Создавали логин
Создавали мапинги на базы
Код:
use [вашаDB]
DROP SCHEMA [DOMAIN\User]
DROP USER [DOMAIN\User]
DROP LOGIN [DOMAIN\User]
CREATE LOGIN [DOMAIN\User] FROM WINDOWS
CREATE USER [DOMAIN\User] FOR LOGIN [DOMAIN\User]