[DA_NEAL]

Могу поделиться своим опытом в подобной ситуации на производственном предприятии.
1. Внедрение начали и выполнили своими силами (благо опыта и квалификации хватало).
2. Первоначально настраивали тот функционал который был наиболее востребован в данный промежуток времени.
3. Преимущественно настраивали по стандарту и если возникала необходимость делали доработки.
4. Очень много задач выполнялось параллельно но в проектной команде был человек отлично понимающий все бизнеспроцессы предприятия который должны были быть в будущем. Повезло, угадали с точностью 98%.
5. Все сложные доработки выполнялись в относительно свободные промежутки времени.
6. Процесс развивался по спирали, то есть мы возвращались к одним и тем же процессам для донастройки при появлении уточняющей информации. Опять же повезло (наверно все таки опыт), архитектуру системы продумали с возможностью развития и в невыполнимые вещи не упирались.

PS
Внедрение таким способом большой риск, консалтинговые компании за такое не возьмутся. В своем штате должны быть эксперты как по бизнесу так и по Nav, причем желательно одновременно. У проектной комманды должны быть серьезные полномочия и соответвующая ответвенность.