[.Quattro.]

По вашим действиям похоже на то, что при учете последнего РКО автоматом создается новая запись с номером ПоследнийУчтенный +1.

Если лицензия позволяет, то на в форме на OnNewRecord:

IF NOT Mode THEN
  SetUpNewLine(xRec,0,BelowxRec);

на

xRec."Document No." := '';
IF NOT Mode THEN
  SetUpNewLine(xRec,0,BelowxRec);

Правда в SetupNewLine немного странный код формирования нового номера...

GenJnlLine.SETRANGE("Journal Template Name","Journal Template Name");
GenJnlLine.SETRANGE("Journal Batch Name","Journal Batch Name");
IF GenJnlLine.FIND('-') THEN BEGIN
  "Posting Date" := LastGenJnlLine."Posting Date";
  "Document Date" := LastGenJnlLine."Posting Date";
  "Document No." := LastGenJnlLine."Document No.";
  IF BottomLine AND
	 (Balance - LastGenJnlLine."Balance (LCY)" = 0) AND
	 NOT LastGenJnlLine.EmptyLine
  THEN
	"Document No." := INCSTR("Document No."); // тут про серию номеров забыли?
END ELSE BEGIN
  "Posting Date" := WORKDATE;
  "Document Date" := WORKDATE;
  IF GenJnlBatch."No. Series" <> '' THEN BEGIN
	CLEAR(NoSeriesMgt);
	"Document No." := NoSeriesMgt.TryGetNextNo(GenJnlBatch."No. Series","Posting Date");
  END;
END;