Под рукой 3.6 нет, но из приведенного кода мне кажется что удалится только последняя транзакция:
Код:
IF CorrespEntry.FIND('+') THEN BEGIN
CorrespEntry.SETCURRENTKEY("Transaction No.","Debit Account No.","Credit Account No.");
CorrespEntry.SETFILTER("Transaction No.",'%1',CorrespEntry."Transaction No."); //Здесь же фильтруется t12401 только по номеру последней транзакции?
CorrespEntry.DELETEALL;
.....