Я, б.м., предложу совсем крайний вариант, но тож имеет место быть.
Правда, оговорюсь сразу, что для его применения потребуется доп.финансирование
(на дополнительный софт)
У нас на фирме довольно популярна такая программа как Jet Reports. Это по сути add-ons к Excel. Но с его помощью можно гораздо меньшей кровью и человеко-затратами делать отчеты, вытягивая данные из Нава. В т.ч. там допустимы длинные фильтры (если фильтр не умещается в строке команды, то просто в строке просто пишешь адрес ячейки, в которой записан фильтр. Таких ячеек можно завести несколько)