Я немного посмотрела в коде - на мой взгляд, суть не в том, в какой момент генерируются номера, а в том, что при работе журнала ОС, по сравнению с общим журналом ГК номера точно так же попадают в таблицу NumberSequenceList при создании записей в журнале, но если после разноски общего журнала использованные номера удаляются из этой таблицы, то после разноски журнала ОС они остаются. Следующая по времени процедура очистки переводит эти номера в статус - Свободно. Создаем любой журнал, использующий данную серию.. и получаем сюрпризы...
Решение без программирования - отказаться от непрерывности и/или отключить очистку.
Интереснее было бы в нужном месте вызвать удаление уже разнесенных voucher из NumberSequenceList. Но, увы, я не нашла это место... Вернее подходящих мест слишком много...
to mazzy - спасибо за добрые слова,

но я думаю, что имелась в виду другая Аня

, еще раз - спасибо.