Интересный вопрос. Насколько я понимаю, методология у всех разная. То есть, вроде бы все одно и то же делают, но каждый в соответствии со своими корпоративными стандартами и предпочтениями. Есть, конечно, стандарты. Установите себе RUP и посмотрите на темплейты там. Уверен, что что-то подобное разработано и под SADT. Для Аксапты я лично некий суррогат сочинял. Важнее всего, чтобы затраты на написание документации не превзошли пользы от ее использования. Думаю, Вы понимаете о чем я. А еще я видел, как народ прямо по Requirements Specification пишет. Требования просто сплошной прозой написанные. Тут уж как кому удобно