Это не баг, это фича и удобная
Например, если надо перекинуть задоженность по клиенту из краткосрочной в долгосрочную, или рисовать проводки по векселям. В одной строке система не даст сделать проводку, если счет и корсчет совпадают. А если сделать многострочную проводку, документ ГК будет одинаковый, счет и корсчет одинаковые, а профили разноски - разные.