Собственно, у меня такие мысли: можно либо снизить вероятность конфликтов, либо использовать некий инструмент для их разрешения.
Снизить вероятность конфликтов можно, например "врезая" новые интерфейсы в аксапту вместо того, чтобы делать конкретную модификацию.
Например вместо того, чтобы плюхать кнопку на форму номенклатуры можно сделать некий механизм расширения набора действий с номенклатурой в стиле InventJournalReport_RU или DocuAction.
В этом случае увеличиваются накладные расходы на инфраструктуру, требуется некоторое думание перед кодированием (что не всегда возможно в разграр проекта

) и к тому же не везде применимо.
Инструменты для разрешения конфликтов есть и довольно давно используются (в
системах контроля версий), но они не интегрированы с аксаптой. Можно
интеграцию VSS портировать на что-нибудь, хорошо поддерживаюшее ветки и работающее через http (например
subversion), это перенесет задачу разрешения конфликтов на уровене xpoшников (хотя помощь инструментария, навреное, будет существенная). Еще немного непонятно, каким образом заставить разработчиков коммитить изменения как можно чаще -- я, например, не нашел способа сесть на событие "изменение компонента" или не давать изменять не взятые на исправление компоненты