Если я правильно понял условия задачи, то мне кажется можно использовать два варианта:
1. Использование товарных издержек
Товарные издержки вводятся отдельной строкой, а их стоимость распределяется на товарные строки. Никаких проблем со складом у них быть не можут, потому, что они не имеют к нему никакого отношения
2. Использование услуг
Услуги, на мой взгляд, не стоит заводит в справочнике товаров. Для этой цели больше подходят ресурсы. Причем необязательно использовать связанный с ним модуль "работы".
Отличие между этими способами будет заключаться в том, что стоимость товарных издержек будет привязываться к товарным операциям, уменьшая их прибыль. А услуги будут учитываться отдельно со своей ценой, своей себестоимостью и своей прибылью.
2Sharky
Что касается общего заказа, то все верно. Система тебе не дает создать заказ на количество большее, чем в общем заказе. Но ты можешь ввести нужную тебе строку вручную в заказе или увеличить значение поля "Кол-во" в общем заказе с тем, чтобы затем создать заказ с нужным тебе количеством.