Удаляю слои - удаляются данные (AX40sp2)

[BOAL]

Можно пробовать стандартный импорт экспорт, не уверен, как это сча реализовано, но по идее все поля, что были зальются, что не совпало проигнорируются. Но это в теории хорошо, и на малых размерах такой выгрузки.

А вообще из описанного требования, мои шаги были бы такие (верно для всех ах):
1, имеем тестовый стенд в составе приложение и БД (родные друг другу)
2. грохаем лишние слои, как файлы
3. трем индексы батником (в ах2009 его нужно от ах4 взять)
4. заходим в АХ (тут важно понять, что могли быть такие проектные моды, что АОС просто не оживет, тогда нужно ручками таблицы в СКЛ довести до кондиции запуска)
5. Вырубаем контрольный список, чтоб не маячил
6. Глобально компилим
7. Запускаем сами из АОТ синхронизацию и на вопрос "а давайте я грохну все эти таблицы" отвечаем, не нужно.

п7 можно заменить на эксперименты с \Администрирование\Периодические операции\Администрирование SQL
там Проверка/Синхронизация (на АХ4 этот пункт скрыт - вернуть взад через АОТ)